Capsule（莢膜）的重點是抗吞噬。人體要處理被囊菌，常需要抗體與補體幫忙 opsonization（調理作用），因此無脾、鐮刀型貧血、B cell（B 細胞）缺陷或補體缺陷的病人，遇到 Streptococcus pneumoniae、Haemophilus influenzae type b、Neisseria meningitidis 這類病原會特別危險。

Biofilm（生物膜）則是人工物感染的語言。細菌附著在 catheter（導管）、人工瓣膜、人工關節或牙菌斑上後，抗生素和免疫細胞都比較難清除。這也是為什麼有些感染不能只靠換藥，還要移除或更換感染的人工物。

正常菌叢不是背景雜訊。它是感染來源，也是國考基礎題。口腔厭氧菌可造成 aspiration pneumonia 或牙源性感染；鼻前庭 S. aureus colonization 會影響手術與 MRSA 風險；腸道 Enterobacterales、Enterococcus、Bacteroides 是腹腔感染與 UTI 的來源；抗生素打亂腸道菌叢後，C. difficile 才有機會長出來。