B 型 DNA = 右旋,每鹼基間距 3.4 Å,每圈 10 bp;A 型間距 2.6 Å(RNA 傾向);Z 型左旋。
Watson-Crick 模型:磷酸在外、鹼基在內、反平行、相鄰鹼基 3.4 Å、一嘌呤配一嘧啶。
DNA 的 2'-C 是 –H(去氧);RNA 的 2'-C 是 –OH。
T 比 U 多一個甲基(–CH₃);兩者皆為嘧啶。
N-glycosidic bond(N-醣苷鍵) 連鹼基與五碳糖 1' 位;加熱到 95 °C 氫鍵斷而 N-醣苷鍵不斷。
DNA 聚合反應只能 5'→3';n+1 的 5'-P 接在 n 的 3'-OH 上。
RNA primer 提供 DNA pol 合成起點的 3'-OH。
Pol I:具 5'→3' polymerase、3'→5' exo、5'→3' exo(移 primer);Klenow fragment 缺 5'→3' exo。
Proofreading = 3'→5' exonuclease;提升 DNA 複製準確度。
MMR 例外使用 pol III 補鏈(其他修復多用 pol I)。
BER 第一酶 = DNA glycosylase;NER 靠 UvrABC / XP 蛋白;MMR 靠 Mut/MSH 家族。
MMR 以甲基化辨識模板股;原核 Dam 甲基 GATC 的 A;哺乳動物 CpG 的 C 甲基化主要走表觀調控。
Photolyase 修復 TT dimer 需 FADH⁻ + 光。
光裂合酶(direct repair)、BER(glycosylase → AP → pol → ligase)、NER(切 12–30 nt)、MMR(依甲基化、用 pol III)、HR(BRCA1/MRN/RAD51)。
Telomerase 具反轉錄酶活性,以自帶 RNA 為模板;端粒癌細胞、幹細胞活躍。
真核 DNA pol:α 起始(含 primase)、ε 領先股、δ 延遲股、β BER、γ 粒線體。
嘌呤 salvage:HGPRT(hypoxanthine、guanine)、APRT(adenine);xanthine 不能 salvage。
Lesch-Nyhan = HGPRT 缺陷,X-linked;痛風三大機制:PRPP synthetase↑、HGPRT↓、G6Pase↓。
Orotic aciduria 治療用 uridine;ribonucleotide reductase 把 NDP → dNDP;dTMP 由 thymidylate synthase + 5,10-methylene-THF 合成。
PCR 需 Taq 因 E. coli pol 熱變性失活;Sanger 用 2',3'-ddNTP;5' 端 ³²P 標記 用 γ-³²P-ATP + polynucleotide kinase。