鑰匙與鎖（lock-and-key）vs. 誘導契合（induced fit）
早期的 Fischer 提出鑰匙與鎖模型：酵素的活性中心（active site）形狀固定，只有「形狀剛好」的受質才能嵌進去。這個模型解釋了酵素的立體專一性（stereospecificity）：為什麼 D-glucose 和 L-glucose 明明是鏡像異構物，酵素只認得其中一個。
但後來發現事情沒那麼單純。
Koshland 提出誘導契合（induced fit）模型：活性中心原本不是剛好的形狀，受質接近時，酵素會主動變形去包住受質，形成一個更緊密的結合。教科書最愛舉的例子是己醣激酶（hexokinase），它在和葡萄糖結合前是開放的，結合後會合起來。
左邊是沒有受質時的酵素（張開的嘴），右邊是葡萄糖（紅色小分子）結合後酵素合起來把它包住。這種合起來有兩個好處：
- 排除水分子：反應在「乾燥」的環境中進行，提高催化效率
- 精準定位：避免非特異受質（例如水分子）誤被當作受質，把磷酸化的 ATP 浪費掉
酵素「結合過渡態」比結合受質更緊
Linus Pauling 最早提出一個觀念：酵素催化的本質不是「結合受質」，而是「結合過渡態」比結合受質更緊。
想像酵素的活性中心形狀不是「受質本體的形狀」（Key and lock），而是「受質扭曲到即將變成產物時的那個瞬間形狀」。
當 S 變形成 TS 時，酵素特別配合它：這個多出來的結合能，正好補償了 S 要翻過活化能山所需的能量。
這個觀念有實際應用：過渡態類似物（transition state analogs）常常是超強的酵素抑制劑，因為它長得像活化能山頂那個瞬間，讓酵素死抓著它不放。很多藥物（例如一些 HIV 蛋白酶抑制劑）就是這麼設計出來的。
立體專一性（stereospecificity）
酵素的活性中心是由 L-胺基酸組成的，本身就是手性（chiral）的。
因此它對受質的立體結構非常敏感，甚至可以分辨表面上看起來對稱的分子上，哪一個面才能被修飾。
最經典的例子是 TCA 循環裡的檸檬酸（citrate）：它看起來左右對稱，但 aconitase 永遠只脫掉原本從草醯乙酸 OAA 那端來的那個 OH，這叫前手性（prochirality），我們會在第四章再看到。