抗病毒藥要用「病毒酵素」記。HSV/VZV 的 acyclovir 類藥物需要 viral thymidine kinase（病毒胸苷激酶）活化，再抑制 viral DNA polymerase（副作用：脫水/快速靜注→腎結晶腎病變、CNS 毒性；valacyclovir 為 prodrug）；CMV 的 ganciclovir/valganciclovir 抗 CMV 效力是 acyclovir 的 100 倍，由 CMV UL97 kinase 活化，骨髓抑制造成 neutropenia 是治療上最主要的限制。Foscarnet 不需 viral kinase 即可作用（直接抑制 polymerase），因此可用在 acyclovir 抗藥（HSV/VZV 的 TK 突變）或 ganciclovir 抗藥（CMV 的 UL97 突變）的 herpesvirus，但腎毒性最需注意（給藥前後補生理食鹽水），另有低鉀/低鈣、抽搐。

Influenza 藥物則接在病毒釋放與 mRNA cap-snatching。Oseltamivir、zanamivir 是 neuraminidase inhibitors；baloxavir 抑制 cap-dependent endonuclease。HBV nucleos(t)ide analogues 抑制 HBV polymerase/reverse transcriptase；HCV DAA 依 NS3/4A protease、NS5A、NS5B polymerase 等靶點組合使用。