細菌 DNA 複製要記幾個對照點：從特定起點 oriC 開始（不是隨機序列）、可雙向（bidirectional）進行、由多種 DNA polymerase（Pol I、Pol III 等）負責。真核可以多起點，細菌染色體通常單一 oriC。

Operon（操縱組）是原核基因調控的核心。它由數個功能相關基因串連、受單一 promoter 控制、轉錄出 polycistronic mRNA（一條含多基因）；因為原核沒有核膜，轉錄與轉譯可以偶聯（coupled）同時進行，也沒有 splicing（剪接）。所以「lac operon 先轉錄一長條 mRNA 再剪接」是錯的（那是真核）；「promoter 壞掉只影響一個基因」也是錯的（會影響整個 operon）。

DNA 損傷時細菌啟動 SOS response：RecA 促進 LexA 自我切割，解除一組 DNA 修復基因的抑制；其中部分聚合酶容錯率較低，因此可增加突變。致病島（pathogenicity island, PAI）是宿主基因體中成群的 virulence genes，常可見與水平轉移有關的 GC content、tRNA 插入點或移動元件痕跡；它可受溫度、pH、鐵濃度等環境訊號調控。

突變與致突變因子