通則：RNA 病毒多於細胞質複製、易突變；例外 正黏液（流感）在核內複製、反轉錄病毒嵌入核 DNA。分段基因體＝易重配：正黏液(8)、沙狀(2)、本洋(3)、呼腸孤(11)。
| 科 Family | 代表病毒 | 結構（套膜｜核酸｜對稱） | 疾病 | 特色 | 藥物／疫苗 |
|---|---|---|---|---|---|
| ss(−)RNA — 皆有套膜 | |||||
| Orthomyxoviridae 正黏液 | Influenza A/B/C ★ | 套膜｜ss(−)分段(8)｜螺旋｜核內 | 流行性感冒、禽流感 | HA(血凝集，誘中和抗體)／NA(切 sialic acid)；antigen shift(重配→大流行)／drift(點突變→小流行) | oseltamivir(抑NA)、amantadine(抑M2，A型)；不活化疫苗 |
| Paramyxoviridae 副黏液 | Parainfluenza | 套膜｜ss(−)不分段｜螺旋｜細胞質；fusion protein→syncytia | 哮吼(croup) | 秋天最常見感冒 | — |
| Mumps | 腮腺炎/睪丸炎/腦炎 | 癒後終身免疫 | MMR 減毒 | ||
| Measles 麻疹 | 麻疹→SSPE | 3C(cough/coryza/conjunctivitis)＋Koplik spot→紅疹；SSPE(5–10年後) | MMR | ||
| RSV | 嬰兒細支氣管炎 | 嬰兒下呼吸道感染最常見 | palivizumab(高危) | ||
| Rhabdoviridae 桿狀 | Rabies 狂犬 | 套膜｜ss(−)｜子彈型 | 狂犬病(恐水) | 狗咬；侵神經；Negri body；潛伏長 | 咬後 Ig＋疫苗(暴露後仍可) |
| Filoviridae 絲狀 | Ebola / Marburg | 套膜｜ss(−)｜絲狀 | 病毒性出血熱 | BSL-4；體液人傳人；死亡率高 | — |
| Arenaviridae 沙狀 | Lassa | 套膜｜ss(−)分段(2) | 出血熱 | 鼠類宿主 | ribavirin |
| Bunyaviridae 布尼亞／本洋 | Hantavirus | 套膜｜ss(−)分段(3) | 漢他肺症候群／出血熱腎症候群 | 鼠類（不經節肢動物，為 Bunya 例外） | ribavirin |
| ss(+)RNA | |||||
| Flaviviridae 黃病毒（有套膜） | HCV | 套膜｜ss(+)｜二十面體 | 肝炎→肝硬化/肝癌 | 血液傳播；慢性化 ~80% | 干擾素+ribavirin（現 DAA）；無疫苗 |
| Dengue 登革 | 登革熱／出血熱 | 斑蚊(埃及/白線)；4 血清型；二次感染 ADE→出血熱（Fc 增強） | 支持 | ||
| Japanese encephalitis / Yellow fever / Zika / West Nile | 腦炎／黃熱／小頭症 | JE：三斑家蚊、豬鳥宿主；Zika：垂直→小頭症 | JE/黃熱＝減毒疫苗 | ||
| Togaviridae 披膜（有套膜） | Rubella 德麻疹 ★ | 套膜｜ss(+)｜二十面體 | 德國麻疹 | 飛沫(不經節肢，為例外)；懷孕前三月畸胎(心血管/白內障/耳聾)；單一血清型 | MMR |
| Alphavirus / Chikungunya | 套膜｜ss(+) | 馬腦炎／屈公病 | 蚊媒 | — | |
| Coronaviridae 冠狀（有套膜） | Coronavirus / SARS / MERS / SARS-CoV-2 | 套膜｜ss(+)｜螺旋（最大 RNA(+)） | 一般感冒／SARS/COVID | 一般感冒第二大病原；飛沫 | — |
| Retroviridae 反轉錄（有套膜） | HTLV-1 | 套膜｜ss(+)×2｜反轉錄酶→dsDNA 嵌入核 | 成人 T 細胞白血病、脊髓病變 | 帶 oncogene；多無症狀 | — |
| HIV ★ | AIDS | gp120→CD4＋CCR5/CXCR4；gp41 融合；env(變異最高)/gag/pol/tat/nef；併發 PJP(最常)/念珠菌/CMV/弓漿蟲/TB | HAART(無法根除)；Dx ELISA 篩→西方墨點確診；病毒量監測 | ||
| ss(+)RNA — 無套膜（對酸穩定，多糞口） | |||||
| Picornaviridae 微小 | Poliovirus | 無套膜｜ss(+)｜二十面體｜細胞質 | 小兒麻痺(前角運動神經元) | 糞口；人唯一宿主 | 沙克(不活化)/沙賓(口服減毒) |
| Coxsackie A / B | A：疱疹性咽峽炎/手足口；B：心肌炎/胸膜痛 | 糞口；B 與 Adenovirus 共用受體 | — | ||
| Enterovirus 71 / Echovirus | 手足口病/腦膜炎 | 台灣重要（EV71 併發腦炎） | — | ||
| HAV | A 型肝炎 | 糞口；不慢性、無帶原；成人較重 | 不活化疫苗 | ||
| Rhinovirus | 一般感冒（最常見） | 不耐酸、喜 33°C、受體 ICAM-1 | — | ||
| Caliciviridae 杯狀／卡力西 | Norovirus(Norwalk) | 無套膜｜ss(+) | 上吐下瀉 | 傳染力強、群聚 | — |
| HEV | E 型肝炎 | 糞口；人畜共通；孕婦死亡率高 | — | ||
| dsRNA — 無套膜 | |||||
| Reoviridae 呼腸孤 | Rotavirus | 無套膜｜ds 分段(11)｜二十面體 | 幼兒腸胃炎(group A) | 小腸絨毛萎縮；3 層 capsid | 口服減毒疫苗 |